El treball assembleari de La Fondona es divideix en dues parts. El treball propi de La Fondona com a col·lectiu autònom, d’una banda, i el treball assembleari com a col·lectiu dins de Can Batlló. Com a col·lectiu ens reunim cada dues setmanes i preparem una llista de temes a tractar. Aquests temes generalment estan relacionats amb la catalogació de documents, la difusió, l’autofinançament i les activitats previstes. Quant a Can Batlló, les membres de La Fondona participen tant en les coordinacions setmanals, en les assemblees ordinàries (mensuals), com a les assemblees extraordinàries. En tots els aplecs, les decisions es prenen per consens.